La gente numerosa affluiva per l'ultimo saluto al Santo Padre prima del funerale dello stesso, che sarebbe stato svolto nella basilica stessa e la tumulazione presso le grotte vaticane.
Prima dell'inizio del funerale del Pontefice,i visitatori vennero allontanati dall'interno della basilica.
Il Cardinale Camerlengo pose un velo bianco sul volto del Santo Pontefice prima di richiudere la bara, oltre a questo, venne deposta una borsa delle monete coniate durante il pontificato di Innocenzo XII,la mitra vaticana e il Rogito, ovvero un documento scritto in latino sulla vita del Papa, che sarà letto durante la cerimonia e poi riposto dentro un tubo di piombo, sigillato e inserito nella bara.
Barnaba prima che venne richiusa la bara per porla nel sagrato di san Pietro, pronunciò la preghiera:
"Dio onnipotente ed eterno, Signore della vita e della morte, noi speriamo e crediamo che la vita del Santo Padre Innocenzo XII è ora nascosta in te. Il suo volto a cui è venuta meno la luce di questo mondo sia illuminato per sempre dalla vera luce che ha in te la sorgente inesauribile. Il suo volto che ha scrutato le tue vie per mostrale alla Chiesa, veda ora il Tuo volto paterno. Il suo volto, che viene ora sottrattoalla nostra vista, contempli la tua bellezza e raccomandi il suo gregge a te, eterno Pastore, che vivi e regni nei secoli dei secoli".
Dopo questa formula venne richiusa la cassa di cipresso e posta la bara sul Sagrato di San Pietro.